共青团仲恺农业工程学院委员会，简称“校团委”，在学校党委和团省委的领导下，承担着青年学生思想政治引领和服务青年成长成才的工作。目前设有办公室、组织部、宣传部、实践部、社团工作部五个部门，下辖16个二级学院团委和1个教工团支部。直属管理校学生会、校研究生会、校青年志愿者协会、校大学生艺术团、大学生创新创业联盟、校红十字学生理事会、校友工作志愿者协会七个校级学生组织。

一直以来，校团委始终坚持贯彻执行党中央和团中央的各项路线、方针、政策，紧密围绕学校党政工作大局，以坚定学生理想信念、培养学生创新能力、提高学生综合素质为根本，加强青年大学生思想政治引领，营造校园良好学风，组织开展“灯塔学习会”、朋辈宣讲团、五四青春歌会、青马工程、“挑战杯”系列竞赛、全国大学生暑期“三下乡”社会实践、广东青年大学生“百千万工程”突击队行动、大学生志愿服务西部（山区）计划、科技学术节、校园文化艺术节、草坪音乐节、社团文化节等系列精品活动，先后被评为广省共青团工作“先进单位”、广东省“五四红旗团委”。